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　お話のあらすじは以下の通り。

　プロローグ

　《まずいことになった。あの船を発見されたのだ。》

　《それは問題だぞ。やつらがこのあたりをうろついて………、

　　暗黒海域にふみこんだりしようものなら、そのとき世界は………。》

　《早急に手をうとう。》

　上記の会話フキダシの背景に海底に沈んでいる沈没船が描かれている。

　物語の導入で、沈没船を巡る世界の存続にかかわる事件が起きつつあることが示唆される。その沈没船こそドラえもんたち（主にジャイアンとスネ夫）が夏休みの冒険に出かける目的となる船だ。

　本作は他の大長編ドラえもんと比べて雰囲気が暗いと言われているようだ。

　プロローグからも不穏な気配が漂っている。